经过第一学期的残酷淘汰，原本20人的“间谍教室”仅剩8名学生存活。第二学期开学第一天，他们惊讶地发现班主任“老师”换了一个更年轻、更温和的年轻男人。新老师声称上一任“老师”因健康原因离职，并带来了一项看似不可能完成的新任务：潜入邻国情报总部，盗取其加密算法。然而学生们很快发现，新任务中的每一个关键节点信息，都与他们上一学期任务失败时的某些细节惊人吻合。他们开始秘密调查这位新老师的真实身份，最终推理出一个令人背脊发凉的真相：上一任“老师”根本没有离开，他伪装成了新老师，而上一学期那场导致12名同学死亡的任务失败，本就是“老师”故意为之——他本身就是敌人的卧底。
第二季比第一季更黑暗也更烧脑。群像塑造依旧出色，每个学生的特长都在推理过程中发挥了关键作用。当“老师”的真实身份揭晓时，前十集埋下的所有细节伏笔瞬间串联，让观众大呼过瘾。智斗迷必看。
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